Margrét Birna útskifaðist sem sálfræðingur frá Háskóla Íslands í júní 2001. Hún starfaði við sérfræðiþjónustu skóla frá 2001, fyrst í Fræðslumiðstöð Reykjavíkur og í Þjónustumiðstöð Breiðholts frá 2005. Í Þjónustumiðstöð Breiðholts sinnti hún greiningum og ráðgjöf vegna leik- og grunnskólabarna, handleiðslu og fræðslu til foreldra og starfsfólks skóla.
Hún sinnti einnig utanumhaldi og handleiðslu vegna Heildstæðs stuðnings við jákvæða hegðun (PBS). Á Þjónustumiðstöð Breiðholts hélt Margrét Birna námskeiðið Klókir krakkar fyrir börn með kvíða og foreldra þeirra, einnig HAM námskeið fyrir unglinga með einkenni kvíða og depurðar.
Margét Birna var stundakennari í MA námi náms- og starfsráðgjafa HÍ í alls þrjár annir og stýrði ásamt Hrund kúrsinum „Persónulegir og félagslegir erfiðleikar nemenda“.
Margrét Birna lauk sérnámi í hugrænni atferlismeðferð á vegum Endurmenntunarstofnunar Háskóla Íslands og Oxford Cognitive Therapy Center í í október 2013.
Margrét Birna sat í stjórn Félags sálfræðinga við skóla frá 2010 til 2013, sem gjaldkeri félagsins frá árinu 2011. Hún sinnir nú kennslustjórastöðu fyrir HAM félagið við sérnám í hugrænni atferlismeðferð á vegum Endurmenntunarstofnunar Háskóla Íslands og Oxford Cognitive Therapy Center.